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ゲームを愛するごく普通の高校生・武藤遊戯。彼は古代エジプトの秘宝・千年パズルを完成させたことにより、封じられていた魂をその身体に宿す。武藤遊戯に危機が迫ると、その魂の人格であるもう一人の遊戯が現れ、闇のゲームにより正義を執行していく。

やがて2人の遊戯は互いを信頼するようになり、千年アイテムの秘密を巡って数々の強敵たちとカードゲーム「マジック＆ウィザーズ」で闘うこととなる。「マジック＆ウィザーズ」の創造主であるゲームデザイナー、ペガサス・J・クロフォードもその1人だった。

激戦を潜り抜けてきた遊戯たちは、遊戯に宿った魂の正体を解明する鍵となる3枚の「神のカード」の存在を知る。そして、そのカードの所有権を懸けて、因縁浅からぬライバル・海馬瀬人や千年アイテムの守護者であるマリク・イシュタールとのデュエルが始まろうとしていた!!