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「かっとビング」が口癖で好奇心旺盛な九十九遊馬は、友人の鉄男のデッキを取り戻すため、そのデッキを奪った学校一の不良・神代凌牙にデュエルを申し込む。 素行は悪いが確かなデュエルの腕を持つ凌牙に苦戦する遊馬。絶体絶命のその時、夢で見た不思議な扉が開き、中から謎の生命体が現れる!!

謎の生命体=アストラルの助言と、その出現と共にエクストラデッキに加わった「ナンバーズ」の力で辛くも凌牙に勝利した遊馬。彼はアストラルの正体を調べようとするが、アストラルの記憶はこの世界に出現した時の衝撃で失われていた。

アストラルの記憶の鍵を握る「ナンバーズ」カードを求める遊馬だったが、その前にナンバーズ・ハンターを名乗るカイトが現れる。 彼らはなぜ「ナンバーズ」を欲しがるのか、そしてアストラルの記憶に秘められた謎とは…!?