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バトル・シティで3枚の「神」のカードを手にした遊戯の前に、天馬夜行と名乗る男が現れる。彼は創始者であるペガサス亡き後のインダストリアル・イリュージョン社を操り、海馬コーポレーションの乗っ取りを計画。さらには遊戯たちの目の前で杏子を誘拐してしまう。

杏子を救うため海馬コーポレーションに向かった遊戯、城之内、本田の3人。しかし彼らの前に13人の「カードプロフェッサー」が立ちはだかる。 彼らはそれぞれが凄腕のデュエリストで、インダストリアル・イリュージョン社が遊戯に懸けた賞金を狙っていたのだ。

決闘王とまで称されたほどの実力で、カードプロフェッサーを次々と倒していく遊戯。そしてついに天馬夜行との直接対決が実現。 遊戯が勝利を手にするかに思われたその時、天馬夜行の持つ3枚の「邪神」がそのヴェールを脱ぐ!!