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舞網市で生まれたデュエルの最強進化形、アクション・デュエル。それにより、デュエルを専門に学ぶためのデュエル塾が開塾。 そんなデュエル塾の1つである遊勝塾に所属する榊 遊矢は、ペンデュラム召喚とエンタメデュエルで様々なデュエリストと激闘を繰り広げていく。

舞網市にあるデュエル塾の代表者を集め、ナンバー1を決める大会「デュエルスクールトーナメント」が開催される。 優勝者は赤馬零児と対戦できると聞き、遊矢は遊勝塾代表としてトーナメントに出場。赤馬零児との再戦に燃える遊矢だったが、零児には別の目的があるようで――?