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質量を持つソリッド・ヴィジョンの登場により、世界はアクション・デュエルの時代に突入していた。そしてその技術を開発したレオ・コーポレーションにハッキングを仕掛ける「ファントム」と呼ばれるデュエリストが出現。 レオ・コーポレーションを率いる赤馬零児は、デュエリストによる特殊部隊を派遣する。

特殊部隊の一員である沢渡の前に現れたのは、ユートと名乗るデュエリストだった。しかしそのデュエル中にユートの姿が一変。ついに「ファントム」の正体である榊 遊矢が現れる。彼はそのデュエルに勝利した後、再び行方をくらましてしまう。

ハッキングを行った遊矢は、『G・O・D』と名付けられた“世界の未来を決めるカード”を求めていた。そして零児は遊矢を『運命の因子』と呼び、特殊部隊による刺客を次々と送り込む。 内に宿る3人の人格――ユート、ユーゴ、ユーリの力でそれを退ける遊矢。しかし彼らの行く手には、まだ見ぬ敵が……!!