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ネオ童実野シティの下層地帯「サテライト」で生活している主人公・不動遊星は、奪われた「スターダスト・ドラゴン」を取り戻すため、ライバルであるジャック・アトラスにライディング・デュエルを挑む。 激しいデュエルを繰り広げる中、突如二人の腕に「赤き竜のアザ」が現れる。

「赤き竜のアザ」は、5000年前から繰り広げられる「ダークシグナー」との闘いを運命づけられた「シグナー」の証であった。 遊星は同じアザを持つデュエリストと共に、「地縛神」の復活を目論む「ダークシグナー」を止めるためのデュエルに挑む。

「ダークシグナー」との闘いより半年後、ネオ童実野シティに平和が訪れたかに思えたが、破滅の未来を回避するために遊星たちの現在を滅ぼそうとする未来人の組織「イリアステル」が現れる。 遊星たち「チーム・5D's」は仲間たちとの今を守るため、再び激闘に身を投じていく。