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ゲーム好きの少年・武藤遊戯は、古代エジプトの秘宝・千年パズルを完成させた事でそこに封じられていた魂をその身に宿す。 1つの身体に2つの魂が共存する事となった遊戯は、千年アイテムともう1人の遊戯に秘められた謎を解き明かすため、カードゲーム「デュエルモンスターズ」による闘いで強敵たちに立ち向かっていく。

海馬コーポレーション社長の海馬瀬人や千年アイテムの守護者であるマリク・イシュタール、新世界の創造を目論む闇の結社・ドーマなど、数々の激戦を仲間との絆を武器に潜り抜けてきた遊戯たち。

彼らはついに、全ての謎の根源である、もう1人の遊戯が誕生した古代エジプトへとたどり着く。 そこで明かされる衝撃の真実と、最後に彼らを待つデュエルとは――