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ネットワークシステムが発達した都市、Den City。その街の大企業「SOLテクノロジー社」が作り上げたVRスペース「LINK VRAINS」での新たなデュエル体験に、人々は熱狂していた。 しかしそんな「LINK VRAINS」にハッキングを仕掛ける「ハノイの騎士」が現れる。彼らはネットワークに隠された「サイバース世界」を滅亡させるために、あるAIを探していたのだ。

ハッキング攻撃によりパニックに陥った「LINK VRAINS」にPlaymakerと名乗るデュエリストが現れ、圧倒的なデュエルで「ハノイの騎士」を倒す。 Playmakerの正体である高校生・藤木遊作は、過去に起きた事件の真相を探るため「ハノイの騎士」を追っていたのだった。

「ハノイの騎士」との激闘の最中、遊作は「SOLテクノロジー社」と「ハノイの騎士」が追う謎のAIの捕獲に成功。これをきっかけに、遊作の運命の歯車が廻り出す。 謎のAIの正体、「サイバース世界」を狙う「ハノイの騎士」の真意、そして遊作の過去に秘められた真実とは……。